A Motonáutica é uma modalidade com uma longa tradição em Portugal. As suas origens remontam a meados do século XX, período durante o qual era uma atividade cultivada por um grupo de entusiastas ligados ao Clube Naval de Cascais e à náutica de recreio. Entre os primeiros praticantes encontram-se personalidades como as do Conde de Monte Real, Conde de Caria, Marinho de Abreu, Miguel Mayer, Bernardo Arnoso, João Castro Pereira e Pinto Basto.
A partir de 1960, as atividades do desporto náutico motorizado passam a ser coordenadas por uma “Autoridade Nacional”, delegada da U.I.M – Union Internationale Motonautique, presidida pelo Eng.º João Carlos Marinho de Abreu, apoiada em termos logísticos pelo Clube Naval de Cascais, e que está na base das primeiras provas nacionais com carácter oficial, então divididas em duas classes: EU – Competição e ET – Turismo. Estas primeiras ações estimularam diversos agentes e clubes portugueses, ligados à prática dos desportos náuticos, a reunirem esforços no sentido de criarem uma Federação de Motonáutica.
O primeiro sinal surge a 26 de Março de 1964, numa reunião que juntou múltiplas associações e clubes na sede do Sport Algés e Dafundo. Dessas movimentações resultou, pouco tempo depois, a criação da Federação Portuguesa de Motonáutica, cujos estatutos foram publicados no Diário do Governo nº. 148 – III ª. Série, de 25/06/64. A FPM foi considerada Pessoa Coletiva de Utilidade Pública, por despcaho do Primeiro-Ministro em 1978, tendo obtido o Estatuto de Utilidade Pública Desportiva a 30 de agosto de 1994.